In het begin van de jaren zeventig werden Franse jongeren zich bewust van een roeping om zich aan God te geven en vroegen zij zich af hoe zij daarop moesten antwoorden. Zij gingen naar pater Marie-Dominique Philippe, o.p., wiens lessen zij volgden aan de universiteit van Fribourg (Zwitserland).
Pater Marie-Dominique Philippe zag zichzelf niet als “stichter”. Na lang aarzelen ging hij naar de oprichtster van de Foyers de Charité, Marthe Robin, met wie hij sinds 1946 een band had. Hij legde haar zijn vragen voor en zij bemoedigde hem in de stichting die plaatsvond tijdens een retraite in de abdij van Lérins, op 8 december 1975. In 1978 gaf het Vaticaan toestemming om de gemeenschap van de Broeders van Sint Jan aan deze abdij te verbinden.
In 1982, toen pater Marie-Dominique Philippe de pensioengerechtigde leeftijd had bereikt en zijn mandaat als professor aan de universiteit van Freiburg had beëindigd, verlieten de broeders (ongeveer vijftien) Zwitserland en vestigden zich in Frankrijk in Rimont, in het bisdom Autun. Deze plek is nog steeds het moederhuis van de gemeenschap.
Ontwikkeling van de Congregatie
De eerste priorij van de congregatie werd gesticht in Cotignac in het bisdom Fréjus-Toulon, op verzoek van bisschop Mgr. Barthe. In antwoord op verzoeken van andere bisschoppen werden over de hele wereld priorijen gesticht, waardoor snel internationale roepingen ontstonden. Vijfentwintig jaar na haar oprichting telde de congregatie 550 leden en 52 priorijen.
Pater Marie-Dominique Philippe was generaal-prior van 1975 tot 2001. Dat jaar koos het Algemeen Kapittel broeder Jean-Pierre-Marie Guérin-Boutaud als zijn opvolger. Aan het einde van zijn tweede termijn in 2010 werd broeder Thomas Joachim tot algemene overste gekozen en zijn mandaat werd in 2016 verlengd. Sinds het Generaal Kapittel van mei 2019 is broeder François-Xavier Cazali generaal-prior. Zijn mandaat werd in 2025 verlengd.
Broeders van Sint Jan in Nederland
Sinds 1987 zijn de Broeders van Sint Jan gevestigd in Nederland. Eerst in bisdom Roermond en vanaf 1992 in het Aartsbisdom. Van 2004 tot 2026 hadden de Broeders van Sint Jan een priorij in Den-Haag. Sinds 2009 wonen de Broeders van Sint Jan in priorij Maria Koningin in Utrecht en dat is nu de enige priorij in Nederland.